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結合跨國網格運算資源 中研院進行禽流感藥物研究

上網時間: 2006年05月19日     打印版  Bookmark and Share  字型大小:  

關鍵字:網格運算  禽流感  中研院  EGEE  H5N1 

中央研究院的網格運算團隊日前宣布,在與歐盟支持的EGEE (Enable Grid for E-Science)計畫共同合作下,已完成禽流感變種病毒藥物設計的計算模擬,除了展現全球網格基礎架構的彈性與龐大資源外,也為中研院研發禽流感藥物的長期計畫奠定了良好基礎。

中研院基因體研究中心博士吳盈達表示,流感病毒的種類相當多,人類只會傳染其中的三種。近來引起人們關注的禽流感病毒,原本只會在鳥類之間傳染,但現已證實H5N1病毒會由鳥類傳染給人類,現科學家擔心若H5N1也開始會在人類之間傳染,將引起極大的災難。他說,「從最近越南、印尼爆發的人類感染禽流感案例來看,我們發現當採用克流感藥物予以治療後,會發生流感病毒蛋白的突變現象。這種突變有可能會加速流感病毒在人與人之間的傳染能力,為了找出可能產生突變的基因位置,我們需要大量的計算模擬,以作為進行藥物研究的基礎。」

中研院的這個構想在一次國際性的研討會上發表後,即得到全球網格基礎架構(WLCG/EGEEe-Infrastructure)的重視,也因此結合了中研院網格計算團隊、基因體研究中心,與法國的CorpuscularPhysics Laboratory of Clermont-Ferrand (CNRS/IN2P3)、義大利Institute for BiomedicalTechnologies (CNR)共同合作進行研究。

吳盈達指出,研究團隊在歐盟EGEE計畫協助下,針對禽流感病毒蛋白的八種可能變異結構,挑選出三十萬個小分子藥物的活性反應模擬測試。此次的運算模擬共串連了EGEE、AuverGrid及中研院TWGrid三網格系統,在歐洲動員三千台電腦,使用大約一百三十七個CPU年的計算量,在歷時四週的期間內已產生出1400GB的資料量。

中研院網格計算團隊主持人林誠謙博士表示,這是目前全球最大的跨國藥物設計計算合作案例。他也強調,網格運算架構的建立,讓過去科學家難以處理的大型問題有了新的解決方向,除了藥物研發外,像是高能物理、生命科學、衛星觀測等需要大型運算的研究,都可以透過種跨國合作的方式來進行,這對降低研發成本、加速研發成效有絕佳的效益。

吳盈達也指出,這次中研院共挑選了三十萬個小分子進行模擬,若在過去只透過一台電腦的運算能力,有可能要花一兩年的時間,只能得到幾千個小分子的模擬結果。「這種規模的運算模擬,在以前是難以想像的。」他說。

接下來,中研院將針對這些模擬出來的資料進行分析,試圖瞭解流感病毒蛋白突變後,對藥物的反應能力,以作為未來禽流感藥物開發之用。吳盈達指出,藥物開發是一個漫長的過程,中研院已成立了針對禽流感藥物或疫苗的長期研究計畫,模擬結果的建立只是一個開端,還有許多的工作尚待完成。未來,中研院也將持續與EGEE合作,進行各種網格運算的計畫研究。

作者: 勾淑婉 / 電子工程專輯




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